[USB-HID]
USB-HIDとはキーボードで打ったかのようにバーコードの値がパソコンに入ってくるタイプのもので、キーボードやマウスと同じようにパソコンに差し込むだけで使えるようになります。USB-HIDは気軽に使えますが、バーコードリーダーから読み込まれた値なのか、キーボードで打った値なのかという判断はつきません。なので、入力結果を人が確認できるような運用にする必要があります。
[USB-COM]
USB-COMというのは、RS-232C規格をUSBに変換しているもので、キーボードや入力フォーカスとは全く関係ありません。正確で細かい制御が行えますが、バーコードリーダーの通信プロトコルに従って通信が可能な専用アプリケーションを準備する必要があります。