大規模なWEBアプリケーションになると、ファイルの数も相当数あり、それらの管理が大変になります。
たとえば、ZendFrameworkでWEBアプリを構築している場合は、controllers(アクションコントローラ格納ディレクトリ)直下のファイル数がだんだん多くなっていき、メンテナンス性が低下するおそれがあります。
そこで、アプリケーションがある程度になってきた場合は、モジュールという単位で分割して管理すると便利です。
モジュールとは、文字通り「部品」を意味する単語ですが、ZendFrameworkにおけるモジュールはそれ自体がMVCアプリケーションとなっています。
よく利用する機能などをモジュールとしてまとめておくことで、メンテナンス性が向上します。また、他のアプリケーションから呼び出すことが可能になり、再利用性もあがります。